3食物養出一腸好菌
講到腸內細菌，我們常常聽到「好菌有益人體」、「壞菌有害健康」的說法，其實這樣簡單的二分法並不正確。我們瞭解到醫護專業人員為了方便衛教，在時間與資源有限的情形下必須將腸道細菌一刀切，但事實上，所謂的「壞菌」橫行固然不利健康，但腸道裡如果都是所謂的「好菌」，對身體也沒有好處。好菌
一般常提到的各種益生菌，以乳酸菌與部份酵母菌種為主，可以促進腸道菌種平衡，增進人體健康。常見的好菌包括：
1.嗜乳酸桿菌：又稱Ａ菌，主要分佈在小腸，族群數量最大，具有強化免疫力、降低膽固醇及調節腸道細菌平衡作用。
2.比菲德氏菌：又稱Ｂ菌，或是雙歧桿菌，能夠製造酸性環境，減少壞菌繁殖，抵抗病原菌的感染，同時還能抑制腸內腐敗物質產生，及合成維生素Ｂ群。
3.乾酪乳酸桿菌：又稱Ｃ菌，或是凱氏乳酸菌，可以有效抵擋胃酸，順利到達腸道。預防腸道不適，提升免疫力，促進嗜酸乳桿菌成長，抑制過敏性物質釋放。
4.副乾酪乳酸桿菌：又稱ＬＰ菌，能耐胃酸，順利到達腸道，可以抗過敏，減低發炎反應。
壞菌
例如魏氏桿菌、大腸桿菌等。當這些菌種佔優勢時，會讓消化不完全的蛋白質腐敗，產生有害毒素。然而，他們並非一無是處，大腸桿菌可以生成維生素Ｋ，分解非水溶性膳食纖維，並能擊退外來的病原菌、那些「好菌」無法應付的對手。
日本理化學研究所的一項實驗則顯示了「好菌」、「壞菌」更深一層的關係。他們發現，比菲德氏菌吸收果糖產生醋酸，保護腸道免於大腸桿菌O157分泌的毒素侵害，但是給予更多比菲德氏菌並無法殺死O157或減少毒素，反倒是O157會吸收比菲德氏菌生成的胺基酸，當做自己的能源。這代表兩者其實是共生關係。
增加益生菌的飲食
不用費心想著如何消滅壞菌，只要增強「好菌」、也就是益生菌在腸道的優勢地位，就能保持腸道細菌的平衡，維持身體健康。要達到上述目標，一方面要適時補充益生菌的數量，另一方面則要多提供益生菌喜歡的食物，雙管齊下便能做到。
簡單地說，發酵食物因為透過乳酸菌或酵母菌等進行發酵過程，因此在食物中也會含有有益腸道的菌種。日本醫學博士藤田紘一郎就很推崇日本傳統發酵食物如味噌、納豆：
味噌
由黃豆發酵而成，會產生許多維生素B群，原本不易分解的蛋白質也因水解過程，變得容易被腸胃吸收。
納豆
含有大量令骨骼強健的維生素K與B2，鈣、磷、鈉、鉀、鐵等礦物質也很豐富，可預防老化及高血壓、心臟病。
醬油
用黃豆等原料經過一年以上的熟成過程，也是發酵食物的一種。不過現在市面上有很多不是傳統釀造法製作的速成醬油，並不算是發酵食物
「納豆」是將黃豆藉由納豆菌種發酵後的一種日本食品。
納豆的起源，最早可追溯至西元前10世紀左右～西元後3世紀中期，其歷史相當古老。而將之商品化，據說是在江戶時代（1603年－1868年），從那時開始就已成為日本人早餐必吃食物之一。
現在，日本全國的超市食品賣場或便利商店等地方，皆能以100日圓買到三盒裝的納豆。富含維他命Ｋ、黃豆蛋白質、植物纖維等，是個美味與健康兼具，相當受到喜愛的食品。因發酵而產生的納豆菌特有味道，有人喜歡，也有人不喜歡，喜好相當兩極。
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